II wojna światowa i okres powojenny
Druga wojna światowa przerwała pracę sodalicyjną na terenach włączonych bezpośrednio do Rzeszy Niemieckiej i do Związku Radzieckiego. W Generalnej Guberni natomiast, przede wszystkim w Warszawie i w Krakowie, Sodalicje zeszły do podziemia.Sodalicje krakowskie (wśród nich na pierwszym miejscu Sodalicja Nauczycielek) kontynuowały starannie pracę nad wyrobieniem wewnętrznym członków, a jednocześnie wydatnie rozszerzały działalność samopomocową, charytatywną, oświatową (udział w tajnym nauczaniu). W Warszawie Sodalicje Akademików i Akademiczek podjęły szeroko zakrojoną pracę wychowawczą wśród młodzieży szkolnej, tworząc konspiracyjne zespoły sodalicyjne i tzw. grupy katolickie. Myślą przewodnią było przygotowanie elity moralnej i intelektualnej, zdolnej budować przyszłą katolicką Polskę. Podobne cele przyświecały pracy na terenie akademickim, gdzie obie wspomniane Sodalicje współdziałały z innymi organizacjami pod nazwą „Kuźnia", będącej platformą spotkań i dyskusji młodzieży katolickiej z młodzieżą mającą inny pogląd lub dopiero poszukującą wartości nadających sens życiu. Przedstawiciele Sodalicji uczestniczyli również w innej wspólnej akcji wszystkich katolickich organizacji akademickich (także krakowskich), mającej charakter ważnego symbolu: w corocznej - oczywiście ściśle zakonspirowanej - pielgrzymce do Częstochowy dla odnowienia Akademickich Ślubów Jasnogórskich.
Wojna, a szczególnie Powstanie Warszawskie spowodowało ogromne straty w szeregach sodalicyjnych. Mimo to - natychmiast po zakończeniu działań wojennych Sodalicje zaczęły nie tylko odradzać się, ale szybko rozwijać. Największy dynamizm przejawiały Sodalicje akademickie mające świadomość, że są odpowiedzialne za przygotowanie twórczej, katolickiej inteligencji, współodpowiedzialnej za Kościół i za wprowadzanie prawa Bożego we wszystkie dziedziny życia. Dlatego też w pracy wychowawczej i samokształceniowej kładziono nacisk z jednej strony na dążenie do świętości „dnia codziennego", opartej na „integralnym" rozwoju osobowości, a z drugiej na przygotowanie do przyszłych ról społecznych poprzez studium filozofii chrześcijańskiej, katolickiej nauki społecznej i etyki zawodowej. Również dlatego głównym terenem działalności „zewnętrznej", apostolskiej akademików były Sodalicje uczniowskie, rozwijające się nie mniej dynamicznie. Dużą aktywność wykazały także Sodalicje starszego pokolenia (w Krakowie przede wszystkim wspomniana już Sodalicja Nauczycielek, w Warszawie - Sodalicja Pań.
Odradzały się jednocześnie struktury ogólnopolskie Sodalicji: Krajowy Sekretariat (przeniesiony w roku 1947 z Krakowa do Łodzi) oraz poszczególne związki: Sodalicji Mariańskich Akademiczek, Nauczycielek, Uczniów i Uczennic Szkół Średnich. Organizowano zjazdy opracowujące wytyczne programowe, narady moderatorów, kursy instruktorskie, obozy szkoleniowe. W miejsce miesięcznika „Sodalis Marianus" Krajowy Sekretariat zaczął wydawać „Biuletyn Informacyjny", a niektóre związki Sodalicji własne okólniki.
W listopadzie 1949 roku ten intensywny, pełen rozmachu i zapału ruch sodalicyjny został zahamowany. Na skutek dekretu władz państwowych nakazującego rejestrację stowarzyszeń religijnych wraz z podaniem spisu członków, Episkopat Polski był zmuszony zawiesić ich działalność. Dotyczyło to również Sodalicji. Wcześniej już zresztą - od wiosny 1948 roku - rozpoczęły się wśród członków Sodalicji aresztowania i szeroka fala przesłuchań. Aresztowanych zostało kilku moderatorów oraz wielu sodalisów. Wyroki wydawane przez sądy wojskowe sięgały od jednego roku do dwunastu lat.